Po wojnie do zrównanej z ziemią wsi powróciło ok. 140 mieszkańców. Ocaleni zamieszkali początkowo w ziemiankach i prowizorycznych szopach. Mimo braku większego wsparcia ze strony władz Polski Ludowej wysiłkiem mieszkańców Michniów został odbudowany[70]. Do przedwojennego poziomu zaludnienia wieś powróciła jednak dopiero w drugiej połowie lat 60.[71] Ludność okolicznych miejscowości nazwała Michniów „doliną śmierci”[50][58].
Wkrótce po zakończeniu okupacji na masowej mogile kryjącej szczątki ofiar pacyfikacji został postawiony pomnik z czerwonego piaskowca. Wyryto na nim nazwiska mieszkańców Michniowa poległych i zamordowanych w czasie II wojny światowej[72]. Ponad 20 lat później we wsi zorganizowano także Izbę Pamięci. Początkowo zajmowała ona część pomieszczeń Klubu Rolnika, otwartego w Michniowie w dniu 30 maja 1971. Z kolei w latach 1977-1997 Izba Pamięci mieściła się w drewnianym domu, należącym uprzednio do rodziny Grabińskich. Izbą Pamięci, do swojej śmierci w 2003 roku, opiekowała się Maria Grabińska (w czasie pacyfikacji straciła męża i syna)[73][74].
Michniów stał się symbolem martyrologii wsi polskich podczas II wojny światowej[75][76][77]. Już w czasie okupacji powstały pierwsze wiersze i pieśni poświęcone ofiarom pacyfikacji. O masakrze informowała także prasa konspiracyjna[78]. 22 lipca 1977 Michniów został odznaczony Krzyżem Grunwaldu III klasy[79]. Jesienią 1979 roku Główna Komisja Badania Zbrodni Hitlerowskich w Polsce wysunęła inicjatywę utworzenia ogólnopolskiego Mauzoleum Męczeństwa Wsi Polskich. Jako proponowane miejsce lokalizacji wskazano Michniów. W 1981 roku ukazał się w tej sprawie wspólny apel kieleckich okręgów Związku Bojowników o Wolność i Demokrację i Polskiego Towarzystwa Turystyczno-Krajoznawczego. Trzy lata później prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Kielcach powołało do życia Komitet Organizacyjny Budowy Mauzoleum Martyrologii Wsi Polskiej w Michniowie, na którego czele stanął obrońca Westerplatte, a zarazem prezes zarządu wojewódzkiego ZBoWiD – komandor Leon Pająk. Z kolei w 1987 powstał Komitet Honorowy pod przewodnictwem Romana Malinowskiego – marszałka sejmu PRL, prezesa Naczelnego Komitetu ZSL[80][81]. Kamień węgielny pod budowę mauzoleum został wmurowany w listopadzie 1989 roku[82]. Pierwotne plany były bardzo ambitne, gdyż zakładały budowę w Michniowie dużego zespołu przestrzenno-użytkowego[80].
Zmiany polityczne i gospodarcze, które nastąpiły w Polsce po 1989 roku, spowodowały rozpad Komitetu Honorowego. Fakt ten, a także trudności finansowe, wymusiły modyfikację projektu i opóźniły znacznie jego realizację[80][83]. Niemniej idea budowy mauzoleum nie została nigdy zarzucona. 9 maja 1991 powołana została Fundacja „Pomnik-Mauzoleum” w Michniowie[80]. W lipcu 1993 roku – w 50. rocznicę pacyfikacji – odsłonięto w Michniowie pomnik „Pieta Michniowska” dłuta Wacława Staweckiego[84]. Z kolei w lipcu 1997 oddano do użytku nowy Dom Pamięci Narodowej. Mieści on odtąd stałą wystawę oraz ośrodek badawczy, dokumentujący martyrologię polskiej wsi w czasie II wojny światowej. Jednocześnie otwarte zostało tzw. Sanktuarium Męczeńskich Wsi Polskich, gdzie umieszczane są krzyże symbolizujące polskie wsie spacyfikowane przez Niemców w latach 1939-1945[85] (jest ich obecnie kilkaset). Na terenie sanktuarium odsłonięto również pomnik „Pożoga Wołynia”, upamiętniający polskie wsie wymordowane na Wołyniu przez ukraińskich nacjonalistów.
12 lipca 1999, z inicjatywy marszałka województwa świętokrzyskiego, Józefa Szczepańczyka, została podpisana umowa użyczenia składników majątkowych pomiędzy Fundacją „Pomnik-Mauzoleum” a Muzeum Wsi Kieleckiej, na podstawie której muzeum uzyskało prawo zarządzania mauzoleum. Od 2008 Muzeum Wsi Kieleckiej jest oficjalnym właścicielem mauzoleum. W Michniowie realizowany jest szeroki program edukacji historycznej, m.in. poprzez lekcje muzealne i wystawy[86]. W 2008 zaprezentowany został projekt rozbudowy mauzoleum. Pierwszy etap rozbudowy ruszył w 2010.
